Certo, se lo reimporti sullo stesso posto ti ha sostituito quello precedente. Questo succede per qualunque file, non solo ITF, ma anche PDF, DOC, ecc…
Adesso è protetto, non puoi più modificarlo, quando ti ha chiesto di sovrascriverlo avresti dovuto dirgli di no.
Se ne hai una copia cancelli quella esistente e la ricostruisci, altrimenti non so se PRT potrà aiutarti.